生物素标记小檗红碱探针|小檗红碱-生物素Berberrubine-Biotin的主要特性

小檗红碱-生物素（Berberrubine-Biotin）‌是小檗红碱与生物素通过共价键偶联得到的靶向功能化衍生物，属于天然活性分子-生物素偶联物，是中药活性成分靶向递送、生物分子示踪领域的特色科研工具。

一、分子结构解析

结构式简写：Berberrubine-Linker-Biotin

药效母核：小檗红碱（Berberrubine），CAS：15401-69-1，是小檗碱体内主要脱甲基代谢产物，异喹啉季铵生物碱，10 位酚羟基是常用的偶联位点，偶联时尽量保留季铵正电荷（药效必需基团），维持和靶点的 π- 阳离子相互作用、DNA / 酶结合活性。

识别标签：生物素（Biotin），用于和链霉亲和素（Streptavidin）特异性结合。

连接臂：常用烷基链、6 - 氨基己酸、PEG 链（PEG2/PEG4 等），降低空间位阻，兼顾水溶性，避免标签干扰母核和蛋白结合。

二、核心优势分析

1. 保留小檗红碱原有生物活性偶联位点选在酚羟基，不破坏季铵环正电荷骨架，维持对 IMPDH2、TrxR、AMPK、拓扑异构酶等靶点结合能力，探针的结合模式接近游离小檗红碱，靶点捕获结果可信度高。

2.生物素 - 链霉亲和素超高亲和，富集效率强生物素与链霉亲和素 Kd 可达 10⁻¹⁵ M，在蛋白裂解液复杂体系下，可高效拉取探针结合蛋白，后续结合 LC-MS 质谱鉴定靶标。

3.自带荧光，可并行荧光成像、细胞共定位小檗红碱本身有荧光信号，无需额外荧光染料，可直接在细胞层面观察探针入胞、亚细胞定位，同步验证探针递送和分布。

4.模块化设计，linker 可定制短烷基 linker 适合直接结合蛋白；PEG 型 linker 水溶性更好，适合活细胞孵育、降低非特异性吸附。

三、反应特性与实验注意事项

1.探针核心用途：活细胞孵育 → 探针结合胞内靶蛋白 → 裂解 → 链霉亲和素磁珠富集 → 洗脱、酶解、质谱鉴定；也可 CETSA 热位移验证结合。

2.小檗红碱母核对光敏感，全程避光操作，避光储存；

3.富集体系尽量去除游离生物素；做对照组（游离生物素、游离小檗红碱）扣除假阳性；

4.溶解性：溶于 DMSO、甲醇、含水乙腈；水溶解度一般，细胞给药时控制 DMSO 终浓度。

四、应用方向

1.化学蛋白质组学：垂钓小檗红碱直接结合蛋白，发掘抗肿瘤、降脂、抗炎新靶点；

2.靶点验证：CETSA、SPR、ITC 验证小分子 - 蛋白直接相互作用；

3.抗菌机制研究：捕获细菌 DNA 回旋酶、拓扑异构酶复合物，解析抑菌机理；

4.细胞荧光示踪：观察小檗红碱入胞、线粒体 / 细胞核分布；

5.竞争结合实验：游离小檗红碱竞争探针结合，验证特异性结合位点。

生物素-4-氨基丁酸

生物素-2-氨基异丁酸

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生物素-L精氨酸

生物素-D精氨酸

Bufotalin-Biotin

生物素-PBA

卡维地洛-生物素

生物素-琥珀酸

小檗红碱-生物素

生物素-5-甲基尿苷

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维生素B-Biotin

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生物素-熊去氧胆酸

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生物素-传明酸

生物素-苯丙氨酸

羟氯喹-生物素